HEKS bekämpft Hunger und Armut mit Fokus auf Zugang zu Land und natürlichen Ressourcen, die Überwindung von Diskriminierung, betreibt Friedensarbeit in spannungsgeladenen Kontexten, leistet Nothilfe für die Opfer von Katastrophen aufgrund von Naturgefahren und kriegerischen Konflikten und unterstützt die diakonische Arbeit der reformierten Kirchen in Osteuropa und in Nahost. Die Umsetzung der Projekte erfolgt durch lokale Partnerorganisationen, die nahe bei den Begünstigten sind und die ihnen anvertrauten Mittel effizient einsetzen.